De la Loire à la Saône, le canal du Centre est d'abord latéral à la Bourbince, jusqu'un peu au-dessus de Montceaux-les-Mines.
Là commence la partie véritablement de jonction à bief de partage jusqu'à Saint-Julien-sur-Dheune. C'est dans cette partie qu'il franchit la ligne de partage des eaux entre l'Atlantique et la Méditerranée, dans la tranchée de Longpendu précisément.
De Saint-Julien jusqu'à Saint-Gilles, il est latéral à la Dheune.
À Saint-Gilles, il garde la même courbe de niveau jusqu'à Chagny, où, par l'intermédiaire de la tranchée de Chagny, il passe dans la vallée de la Thalie en étant alors un canal de dérivation.
Il est latéral à la Thalie jusqu'à son embouchure en Saône.